Hans Jørgen Whitta-Jacobsen blev cand.polit. fra Københavns Universitet i 1984 og ph.d. i økonomi samme sted 1989. Han har siden 1984 været ansat ved Økonomisk Institut på Københavns Universitet, fra 1991-2002 som lektor og siden 2002 som professor. Han har desuden været prodekan ved Det Samfundsvidenskabelige Fakultet. Derudover var han i  perioden 2010-15 formand for De Økonomiske Råd (også kaldet overvismand).

Hans Jørgen har især forsket og undervist i makroøkonomisk teori med særlig vægt på konjunkturcykler og arbejdsmarkedsteori. Han har også beskæftiget sig med økonomisk vækst og omfordeling, økonomiske læreprocesser samt den lidt mere kryptiske spilteori, hvor det undersøges mere teoretisk og matematisk, hvad der er strategisk rigtigt at gøre i forskellige situationer. Han har været tilknyttet Kraka som Senior Fellow siden 15. marts 2016.